Η Οργάνωση του Σωφρονιστικού συστήματος στην Ελλάδα βασίζεται στις γενικές αρχές που τίθενται από το Σύνταγμα, τις διεθνείς συμβάσεις, τους νόμους και τα προεδρικά διατάγματα καθώς και τις κανονιστικές πράξεις κατ' εξουσιοδότηση τους, με θεμελιώδη νόμο τον ισχύοντα Σωφρονιστικό Κώδικα.

Οι γενικές αρχές αφορούν τους κανόνες εκτέλεσης των ποινών και μέτρων ασφαλείας κατά της ελευθερίας, όπως αυτές επιβάλλονται από τα αρμόδια Δικαστήρια και τη μεταχείριση των κρατουμένων στα καταστήματα κράτησης.

Απαραβίαστες αρχές στην εφαρμογή των ανωτέρω κανόνων αποτελούν η νομιμότητα και η ισότητα στη μεταχείριση των κρατουμένων, ο σεβασμός των δικαιωμάτων των κρατουμένων που τους αναγνωρίζει ο νόμος και η έννομη προστασία τους.

Στον προαναφερθέντα Σωφρονιστικό Κώδικα περιγράφονται τα όργανα της άσκησης της σωφρονιστικής πολιτικής που είναι το Κεντρικό Επιστημονικό Συμβούλιο Φυλακών, η Κεντρική Επιτροπή Μεταγωγών και τα Συμβούλια της Φυλακής. Επίσης καθορίζονται, οι κατηγορίες των κρατουμένων και των καταστημάτων κράτησης, ο τρόπος μεταγωγής σε αυτά και διαβίωσής τους, η εφαρμογή προγραμμάτων και η διάθεση του ελευθέρου χρόνου τους, η εργασιακή τους κατάσταση, ο ευεργετικός υπολογισμός ημερών ποινής λόγω εργασίας και η επικοινωνία με το ευρύτερο κοινωνικό περιβάλλον.

Στον ίδιο Κώδικα περιγράφονται οι εναλλακτικές μορφές έκτισης των ποινών, τα μέτρα για την εύρυθμη λειτουργία των καταστημάτων, ο τρόπος μεταγωγών των κρατουμένων, ο τρόπος λήξης των ποινών, η μετασωφρονιστική μέριμνα, η εποπτεία της εφαρμογής του και τα όργανα που την ασκούν.

Η εποπτεία της οργάνωσης και λειτουργίας του σωφρονιστικού συστήματος ασκείται από τη Γενική Διεύθυνση Σωφρονιστικής Πολιτικής του Υπουργείου και της υπαγόμενες σε αυτή Διευθύνσεις :
α) Πρόληψης Εγκληματικότητας και Σωφρονιστικής Αγωγής Ανηλίκων
β) Σωφρονιστικής Αγωγής Ενηλίκων
γ) Λειτουργία Ειδικών Θεραπευτικών Καταστημάτων
δ) Επιθεώρησης Σωφρονιστικών Καταστημάτων και Ειδικών Καταστημάτων Κράτησης Νέων και
ε) Εξωτερικής Φρούρησης Φυλακών και λοιπών Καταστημάτων.

Η νομοθεσία που διέπει την εν γένει οργάνωση και λειτουργία του σωφρονιστικού συστήματος βρίσκεται στην επόμενη ενότητα.